obie metody są dobre i potrzebne 
S21 ocenisz ile masz strat na filtrze (insertion loss) w funkcji częstotliwości,
S11 (SWR) jak masz dopasowany filtr. Na pomiarach S11 zobaczysz rezonanse członów filtra, co na S21 jest prawie niemożliwe do zauważenia. Często przy strojeniu filtrów pomija się S11 skupiając się tylko na S21 - potem pojawiają się pytania typu "dla czego mam takie straty w filtrze" odpowiedź jest prosta: sprawdź S11 a zobaczysz dla czego...
Edit: dla formalności powinno się jeszcze mierzyć S22, czyli po prostu zamienić wejście filtra z jego wyjściem
S21 ocenisz ile masz strat na filtrze (insertion loss) w funkcji częstotliwości,
S11 (SWR) jak masz dopasowany filtr. Na pomiarach S11 zobaczysz rezonanse członów filtra, co na S21 jest prawie niemożliwe do zauważenia. Często przy strojeniu filtrów pomija się S11 skupiając się tylko na S21 - potem pojawiają się pytania typu "dla czego mam takie straty w filtrze" odpowiedź jest prosta: sprawdź S11 a zobaczysz dla czego...
Edit: dla formalności powinno się jeszcze mierzyć S22, czyli po prostu zamienić wejście filtra z jego wyjściem
73 Sławek