Nie podałeś, którą wersję KiCad-a używasz.
W najnowszej, przelotki przyjmują NET taki sam, jak ścieżka / strefa na której ją stawiasz.
W przypadku rysowania stref po pierwszym lkiknięciu na PCB otwiera się okno z wyborem sygnału jaki ma przyjąć strefa.
Po usunięciu stref przelotki zostają na PCB, ale są nadal połączone liniami do sygnałów odpowiadających sygnałom przypisanych z automatu do przelotek
Jeżeli natomiast najpierw stawiasz przelotki w pustych obszarach PCB, to musisz im nadać we właściwościach ( prawy klawisz na przelotce -> właściwości ) do jakiej sieci będą podpięte. Wówczas po narysowaniu strefy na przelotkach i przypisaniu jej do tej samej sieci co przelotki, zostanie z automatu strefa połączona z przelotkami.
Nie udało mi się odtworzyć Twojej sytuacji, gdzie przy usuwaniu stref usuwane są również przelotki z automatu.
